Les deux premiers volets suivaient une mécanique déjà lourde : d’abord la naissance d’une théorie fragile autour de l’hydroxychloroquine, ensuite la rupture avec les règles ordinaires de la preuve. À partir de 2022, l’affaire change encore de nature.
Ce n’est plus seulement un protocole contesté, ni même une querelle sur les essais randomisés. C’est un institut entier qui se retrouve examiné à froid, publication après publication. Le chiffre qui fait basculer le dossier n’est pas 20, ni 1 061, ni 3 737. C’est 456. Autant d’études cliniques de l’IHU Méditerranée Infection passées au crible par une équipe de chercheurs indépendants. À partir de là, le débat cesse d’être impressionniste. Il devient auditable.
Pourquoi les 456 études changent la nature de l’affaire
Jusque-là, l’IHU pouvait encore jouer une partition familière : présenter les critiques comme des pinaillages méthodologiques, des querelles de spécialistes, voire la réaction pavlovienne d’un establishment vexé. L’enquête sur les 456 études fait sauter cette défense. Elle déplace la question. On ne demande plus seulement si telle étude Covid était mal construite. On demande dans quel cadre éthique et légal des recherches sur l’être humain ont été menées, justifiées et publiées pendant des années.
En France, une recherche impliquant la personne humaine n’entre pas dans la catégorie du bricolage toléré au nom de l’urgence. Elle relève d’un cadre précis, hérité de la loi dite Jardé et du code de la santé publique : qualification de la recherche, avis favorable d’un Comité de protection des personnes, et, selon les cas, autorisation de l’ANSM avant le démarrage. L’ANSM l’a rappelé noir sur blanc en 2022 en exigeant de l’IHU qu’aucun nouveau projet ne démarre sans cette qualification correcte, l’avis d’un CPP et, si nécessaire, l’autorisation préalable de l’agence. Ce rappel administratif dit déjà beaucoup : on n’était plus dans le simple débat académique, mais dans la police élémentaire des règles.
L’audit Besançon-Bik
La bascule tient aussi aux profils de ceux qui l’opèrent. Elisabeth Bik n’est pas une polémiste venue des marges, mais une microbiologiste devenue l’une des références mondiales de la détection d’images et de données problématiques. Lonni Besançon est alors chercheur à l’université de Linköping. Autour d’eux gravitent notamment Fabrice Frank et Alexander Samuel. Leur travail n’a rien d’un coup d’éclat solitaire. Il consiste à faire ce que les institutions ont tardé à faire : lire, recouper, comparer les déclarations éthiques, les numéros d’approbation, les circuits éditoriaux, les catégories réglementaires. Bref, transformer des soupçons épars en dossier.
Leur article, publié en 2023 dans Research Integrity and Peer Review, ne prétend pas résoudre toute l’affaire Raoult. Il fait plus utile. Il documente un cas d’école de contrôle éthique défaillant à l’échelle d’une institution. Les auteurs y expliquent avoir examiné 456 études publiées par l’IHU-MI, puis suivi pendant plus de dix mois les échanges avec les revues concernées. Le geste est important : il ne s’agit pas seulement de signaler un problème, mais de vérifier s’il est traité, par qui, et comment.
Des approbations éthiques à géométrie variable
Le cœur de l’enquête tient en quelques chiffres, et ils suffisent à défaire le récit du simple accident. Parmi les 456 études examinées, 248 utilisaient le même numéro d’approbation éthique alors même que les sujets, les types d’échantillons et parfois les pays concernés différaient. 39 autres ne mentionnaient aucun numéro d’approbation éthique tout en portant sur des recherches impliquant des êtres humains. L’équipe souligne en outre que ces 248 études sous un même numéro couvraient des sujets, des prélèvements et des pays très différents. À ce niveau, l’argument de l’erreur ponctuelle ne tient plus.
Il faut être clair sur ce que cela signifie. Un numéro d’approbation éthique n’est pas un cachet décoratif qu’on recycle d’un papier à l’autre pour gagner du temps. Il est censé attester qu’un protocole déterminé, sur des personnes déterminées, avec des risques déterminés, a été examiné dans un cadre précis. Le réemployer à répétition pour couvrir des objets différents, ou publier sans approbation mentionnée, ce n’est pas une coquetterie administrative. C’est un trou dans la chaîne de protection des patients, du consentement et de la traçabilité scientifique.
C’est aussi là que la défense par l’urgence pandémique s’effondre. L’article de Frank, Florens, Meyerowitz-Katz, Barrière, Billy, Saada, Samuel, Robert et Besançon ne porte pas sur quelques semaines de panique au printemps 2020. Il examine une production étalée dans le temps. L’ennui n’est donc plus celui d’une institution débordée par le Covid. C’est celui d’une routine. Une organisation qui, au fil des années, semble avoir fini par traiter les garde-fous éthiques comme des formalités adaptables à ses besoins bibliométriques.
Publier dans son propre écosystème
L’autre pièce du dossier, moins spectaculaire mais tout aussi révélatrice, concerne l’environnement éditorial. L’enquête note qu’une large part des études signalées a été publiée dans New Microbes and New Infections. Les auteurs indiquent que cette revue à elle seule en a publié 135. Ils soulignent aussi les difficultés rencontrées pour faire remonter les alertes dans des circuits où certains auteurs des articles problématiques étaient aussi liés aux équipes éditoriales des revues concernées. Dans le cas de NMNI, la proximité avec l’écosystème marseillais avait déjà été relevée avant même la publication de l’article de 2023.
Il ne s’agit pas de dire qu’un article devient faux parce qu’il paraît dans une revue proche de son milieu. Ce serait un raisonnement paresseux. Le problème est plus simple et plus grave : lorsqu’une institution contestée peut publier massivement dans un environnement où l’indépendance du filtre éditorial devient elle-même un sujet, le volume de publication cesse d’être un argument d’autorité. Il devient un objet d’enquête. Là encore, l’IHU n’est pas “persécuté”. Il est audité.
Quand la réponse ne porte plus sur le fond
Face à un tel audit, la réponse attendue aurait été classique : discussion sur le fond, production des autorisations, clarification des protocoles, rectifications éventuelles, réanalyses si nécessaire. Ce n’est pas ce qui a dominé la séquence.
Ce qui s’impose publiquement, ce sont les plaintes déposées par Didier Raoult et Éric Chabrière contre Elisabeth Bik pour « harcèlement, tentative de chantage et d’extorsion », ainsi que la mise en cause de Boris Barbour, administrateur de PubPeer. Le Monde situe le dépôt de plainte au 29 avril 2021 ; le HCERES rappelait encore en septembre 2021 cette offensive judiciaire comme un cas emblématique de judiciarisation du débat scientifique.
Ce déplacement n’est pas anecdotique. Quand une institution scientifique répond d’abord par le terrain procédural à des critiques d’intégrité scientifique, elle change la nature du conflit. Le comité d’éthique du CNRS s’en était d’ailleurs inquiété, évoquant des « stratégies d’intimidation inadmissibles ». La pétition de Citizen4Science dénonçait, elle, des tentatives d’intimidation contre Elisabeth Bik, avec divulgation de son adresse personnelle. Science rapportait de son côté que le doxxing de Bik — publication de son adresse par Chabrière et par des comptes anonymes — avait été l’aspect le plus inquiétant de l’affaire.
Autour de cette séquence judiciaire s’agrège un autre fait, plus diffus mais décisif : le coût humain de la contradiction. Des scientifiques signent des lettres ouvertes pour soutenir Bik et défendre la post-publication peer review ; des institutions comme l’ENS, le CNRS et son comité d’éthique sortent de leur réserve ; Lonni Besançon, lui, dira encore en 2024 avoir fait face à du harcèlement et à des menaces de mort pour son travail sur l’intégrité scientifique. La critique, ici, ne devient pas seulement plus solide. Elle devient plus exposée.
L’entrée de l’État
Mais cette fois, la mécanique de déni ne suffit plus. Car ce que des chercheurs extérieurs commencent à documenter finit par être repris par les autorités. En 2022, l’ANSM annonce des mesures administratives contre l’IHU-MI et l’AP-HM après inspection : suspension d’une recherche menée sans avis préalable d’un CPP, injonctions de formation externe à la réglementation des RIPH, obligation de bilans exhaustifs sur les publications et recherches en cours, et interdiction de lancer de nouveaux projets sans qualification correcte et autorisations préalables. L’agence précise poursuivre parallèlement ses investigations sur d’autres recherches, en lien avec la mission IGAS-IGESR.
Le 5 septembre 2022, le ministère de l’Enseignement supérieur et celui de la Santé franchissent un seuil supplémentaire. Dans leur communiqué commun, ils écrivent que le rapport définitif IGAS-IGESR met en lumière des « dysfonctionnements graves » de l’IHU-MI touchant les pratiques de recherche et de soins, le management, la gouvernance et la situation financière. Ils ajoutent que plusieurs éléments du rapport sont susceptibles de constituer des délits ou des manquements graves à la réglementation en matière de santé ou de recherche, ce qui justifie une saisine du procureur de la République de Marseille au titre de l’article 40. L’État n’invente pas l’affaire. Il finit par la rattraper.
Le temps des « essais sauvages »
C’est à ce moment que les faits changent de statut. Pendant longtemps, l’IHU a pu se présenter comme une institution iconoclaste, rapide, attaquée pour son anticonformisme. Le vocabulaire administratif, lui, ne parle plus ce langage. L’ANSM vise des recherches menées hors cadre légal. La presse comme plusieurs observateurs parlent alors d’« essais sauvages » pour désigner ces protocoles réalisés sans les autorisations requises, expression qui s’impose durablement dans le dossier. En parallèle, les rapports officiels parlent de pratiques inappropriées, de manquements graves à la réglementation, et de faits susceptibles de qualification pénale. On n’est plus dans le registre du désaccord scientifique. On est dans celui de la mise en cause réglementaire.
La différence est capitale. Une controverse scientifique peut durer longtemps sans vainqueur net. Une institution qui contourne durablement les règles de la recherche humaine n’est plus protégée par le flou du débat savant. C’est précisément ce que la séquence Besançon-Bik rend visible. Leur travail n’a pas “fabriqué” l’affaire ; il lui a donné une forme vérifiable, cumulative, presque impossible à dissoudre dans le bruit des plateaux télé ou des fidélités militantes.
La fin de l’intouchabilité
Didier Raoult reste, dans tout cela, le visage public du système. Mais c’est bien le système qui est atteint. À l’été 2022, Pierre-Édouard Fournier est désigné pour prendre la tête de l’IHU. Quelques semaines plus tard, il indique s’être assuré que tous les essais cliniques en cours relevant de la recherche impliquant la personne humaine soient suspendus dans l’attente de leur régularisation. En 2023, l’ANSM lèvera certaines interdictions tout en maintenant l’institut sous surveillance renforcée. Autrement dit : la nouvelle direction hérite moins d’une réputation écornée que d’un établissement placé sous contrôle.
L’IHU n’a pas été renversé par une soudaine illumination collective et divine, ni par un complot des adversaires du chercheur. La structure a été rattrapé par une accumulation de vérifications. D’abord des critiques méthodologiques. Puis un audit documentaire. Puis l’entrée des autorités administratives et judiciaires. Cette fois, il ne suffisait plus de dénoncer des ennemis, des jaloux ou des bureaucrates. Une institution peut longtemps tordre les règles, surtout quand elle bénéficie d’un prestige, d’un récit et d’une machine de publication. Mais pas indéfiniment. Et la suite ne portera déjà plus sur la controverse elle-même, mais sur ce qu’il reste quand le vernis tombe.